会社と社長間の賃貸取引は「関連当事者取引」に該当するため、適正な賃料設定が重要です。過度に高額な賃料は役員賞与とみなされる可能性があり、低すぎる場合は社長への利益供与と判断されるリスクがあります。
また、住宅ローンの返済額を会社が負担する形で賃料を設定する場合、適正賃料の範囲内である必要があります。社長は受け取る賃料を不動産所得として確定申告する必要があり、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の適用に影響が出る場合があります。
税務上の取り扱いは複雑なので、具体的なケースについては税理士などの専門家に相談されることをお勧めします。